GenoMatrix
EN
Beyond Equine
从马属到12个哺乳动物物种 — 跨物种基因组操作系统
From equine to 12 mammalian species — a cross-species genomic operating system
马属是我们的起点，不是终点。当你的药物靶点需要在猴子、犬、小鼠之间做跨物种验证时，GenoMatrix 能在几分钟内告诉你：哪里保守，哪里不同，哪个模型最合适。
Equine was our starting point, not our destination. When your drug target needs cross-species validation across monkey, dog, and mouse, GenoMatrix tells you in minutes: what's conserved, what's different, and which model fits best.
探索平台 →
Explore the platform →
For Pharma & CRO — 你痛点，我们解决
For Pharma & CRO — Your Pain, Our Solution
药物靶点的跨物种验证耗时耗力
Cross-species drug target validation is slow and costly
↓
110个药物靶点一键查询保守性
110 drug targets, one-click conservation query
找不到合适的动物疾病模型
Can't find the right animal disease model
↓
55种人类遗传病的模型适配评估
55 genetic diseases with model suitability assessment
纳米抗体开发缺乏高质量VHH序列库
Nanobody development lacks quality VHH libraries
↓
37条羊驼VHH序列 + 23个靶点覆盖
37 alpaca VHH sequences + 23 target coverage
跨物种基因组坐标转换复杂
Cross-species coordinate conversion is complex
↓
170万+坐标对应关系，分钟级响应
1.7M+ coordinate mappings, minute-level response
22,035
同源基因组
Ortholog Groups
201
蛋白结构
Protein Structures
物种矩阵
Species Matrix
马 NCDS 116基因
驴 T2T基因组
羊驼 VHH平台
人 38,606基因
小鼠 AF 94%
牛 AF 87%
犬 AF 83%
恒河猴 AF 82%
食蟹猴 坐标映射
兔 坐标映射
猪 坐标映射
骆驼 比对+AF
物种 Species 层级 核心数据 应用场景 Species Depth Core Data Application
马 Horse 深度 Deep NCDS 116基因 · T2T · 4,015万+变异 运动医学 · 遗传病模型 驴 Donkey 深度 Deep T2T基因组 · 112基因验证(98.2%) 比较基因组 · 育种 羊驼 Alpaca 深度 Deep VHH纳米抗体 · 22,035同源组 纳米抗体 · MERS模型 人 Human 深度 Deep 38,606基因映射 · 110药物靶点 药物靶点跨物种验证 小鼠 Mouse 中度 Mid AlphaFold 94% (98/104) 结构保守性参考 牛 Cow 中度 Mid AlphaFold 87% (89/104) 结构保守性参考 犬 Dog 中度 Mid AlphaFold 83% (83/104) 结构保守性参考 恒河猴 Rhesus 中度 Mid AlphaFold 82% (77/104) 灵长类比较模型 食蟹猴 Cynomolgus 初步 Initial 8物种全基因组比对 坐标映射参考 兔 Rabbit 初步 Initial 8物种全基因组比对 坐标映射参考 猪 Pig 初步 Initial 8物种全基因组比对 坐标映射参考 骆驼 Camel 初步 Initial 全基因组比对 + AlphaFold 骆驼科比较研究
核心能力
Core Capabilities
能力一：跨物种基因组映射网络
Capability 1: Cross-Species Genome Mapping Network
从人的一个基因，到它在马、犬、小鼠上的精确坐标 — 几分钟，而不是几周。
From one human gene to its precise coordinates in horse, dog, or mouse — minutes, not weeks.
170万+ 坐标对应 · 22,035 同源组 · 38,606 人类基因已映射
1.7M+ coordinate mappings · 22,035 ortholog groups · 38,606 human genes mapped
映射规模
人 ↔ 马 ：38,606个人类基因映射，17,122个（44.4%）找到马属直系同源基因人 ↔ 马 ↔ 羊驼 ：22,035个直系同源组，10,679个三物种共有马 ↔ 羊驼 ：11,350个直接映射对，染色体共线性分析（马2n=64 vs 羊驼2n=74）8物种全基因组比对 ：以马为参考，7组pairwise比对产出坐标映射
跨物种引物设计
马-驴-羊驼三物种通用LAMP/PCR引物方案
跨物种保守区引物 + 物种特异性引物
多重PCR方案优化
Mapping Scale
Human ↔ Horse : 38,606 human genes mapped, 17,122 (44.4%) with equine orthologsHuman ↔ Horse ↔ Alpaca : 22,035 ortholog groups, 10,679 shared across all threeHorse ↔ Alpaca : 11,350 direct mapping pairs, chromosome synteny (horse 2n=64 vs alpaca 2n=74)8-species whole-genome alignment : Horse-referenced pairwise alignments
Cross-Species Primer Design
Universal LAMP/PCR primers for horse-donkey-alpaca
Conserved region + species-specific primers
Multiplex PCR optimization
能力二：药物靶点与疾病模型评估
Capability 2: Drug Target & Disease Model Assessment
在投入动物实验之前，先知道哪个模型最可能 work。
Before investing in animal studies, know which model is most likely to work.
110 个药物靶点 · 55 种遗传病模型适配评估
110 drug targets · 55 genetic disease model assessments
药物靶点保守性（110个DrugBank靶点）
保守性 数量 占比 含义 ✅ 双物种均有 51 46.4% 马/羊驼均可作验证模型 ⚠️ 单物种有 47 42.7% 仅马或仅羊驼适用 ❌ 均无同源 12 10.9% 需考虑其他物种
诚实声明 ：>95%序列相似度的靶点仅2个。大多数同源靶点存在物种间序列差异，需结合功能域分析判断可替代性。疾病模型适配（55种人类遗传病）
20%（11种） 适合双物种模型（马+羊驼）40%（22种） 仅推荐马模型25%（14种） 仅推荐羊驼模型15%（8种） 两物种均不理想
代表案例
MERS-CoV ：羊驼DPP4与人88%同源 → MERS疫苗评价潜在模型高海拔低氧 ：羊驼EPAS1/HIF1A/EGLN1/EPO自然选育 → 缺氧研究天然模型运动性能 ：马属NCDS 116基因 → 运动相关疾病跨物种映射
Drug Target Conservation (110 DrugBank targets)
Conservation Count % Implication ✅ Both species 51 46.4% Horse/alpaca both viable ⚠️ Single species 47 42.7% Only one applicable ❌ Neither 12 10.9% Other models needed
Honesty Note : Only 2 targets share >95% sequence identity. Most orthologous targets show inter-species divergence; functional domain analysis needed.Disease Model Suitability (55 diseases)
20% (11) dual-species models (horse + alpaca)40% (22) horse-only25% (14) alpaca-only15% (8) neither ideal
Representative Cases
MERS-CoV : Alpaca DPP4 88% homology → potential MERS modelHypoxia : Alpaca EPAS1/HIF1A pathway naturally selected → hypoxia modelAthletic performance : NCDS 116 genes → cross-species exercise mapping
能力三：蛋白结构跨物种覆盖
Capability 3: Protein Structure Cross-Species Coverage
想知道这个变异在羊驼身上长什么样？我们已经查好了。
Want to know what this variant looks like in alpaca? We've already checked.
201 个马属蛋白3D结构 · 9 物种覆盖
201 equine protein 3D structures · 9 species coverage
物种 AlphaFold覆盖率 高置信度(pLDDT>70) 人类 94%（97/104） 66% 小鼠 94%（98/104） 66% 牛 87%（89/104） 59% 马 86%（87/104） 56% 犬 83%（83/104） 53% 恒河猴 82%（77/104） 55% 骆驼科 43%（数据积累中） 待提升
Core 4核心基因结构质量
CHRNA1 ：6物种全覆盖，pLDDT 82-85（极可靠）BDNF ：6物种全覆盖，pLDDT 71-92（高置信度）DMRT3 ：全覆盖但pLDDT 46-57（低置信度，参考需谨慎）SCN4A ：仅人/马/鼠有结构
AlphaFold结构是「证件照」不是「全身CT」 — Phase 1-2仅用于变异位置标注和保守性解释，不用于药物结合预测。
Species AlphaFold Coverage High Confidence Human 94% (97/104) 66% Mouse 94% (98/104) 66% Cow 87% (89/104) 59% Horse 86% (87/104) 56% Dog 83% (83/104) 53% Rhesus 82% (77/104) 55% Camelidae 43% (growing) To improve
Core 4 Gene Structure Quality
CHRNA1 : 6-species coverage, pLDDT 82-85 (highly reliable)BDNF : Full coverage, pLDDT 71-92 (high confidence)DMRT3 : Full but pLDDT 46-57 (low confidence, use with caution)SCN4A : Only human/horse/mouse
AlphaFold structures are "ID photos" not "full-body CT scans" — Phase 1-2 used only for variant annotation and conservation interpretation, not drug binding prediction.
羊驼CRO平台
Alpaca CRO Platform
三大产品线：AlpacaGene™ 供体筛选 · AVS-Alpaca™ 基因评分 · DiseaseModel™ 模型匹配 · 37条VHH序列 · 19靶基因三梯队
Three product lines: AlpacaGene™ · AVS-Alpaca™ · DiseaseModel™ · 37 VHH sequences · 19 target genes
联系CRO团队 →
Contact CRO Team →
技术架构
Architecture
应用层 · Application
Application Layer
JumpHealth™ · JumpID™ · CRO服务 · API Platform
映射层 · Mapping
Mapping Layer
Ortholog映射 · 坐标转换 · 通路传递 · 170万+ 坐标 · 22,035 同源组
Ortholog mapping · Coordinate transfer · 1.7M+ mappings · 22,035 groups
数据层 · Data
Data Layer
12物种参考基因组 · 444张表 · 4,015万+ 变异位点 · 21,233 蛋白编码基因
12 species genomes · 444 tables · 40M+ variants · 21,233 genes
Foundation
Ensembl REST · NCBI · AlphaFold DB · minimap2 · PLINK · ANGSD · DuckDB
科学免责声明
Scientific Disclaimer
▶ Research Use Only. 跨物种映射基于同源推断，不代表功能等同。所有结论标注验证状态。点击展开完整声明。
Research Use Only. Cross-species mappings are ortholog-based inferences, not functional equivalence guarantees. Click to expand full disclaimer.
⚠️ 科研免责声明 ：跨物种映射结果基于直系同源推断和序列保守性分析，不代表功能完全等同。药物靶点保守性评估用于模型选择参考，不构成临床有效性保证。AlphaFold结构覆盖率和置信度仅用于变异位置标注，不用于药物结合预测。所有跨物种结论均标注验证状态（VERIFIED / UNVERIFIED / HYPOTHESIS-DRIVEN / PENDING），客户有权了解数据的真实状态。数据口径说明 ：4,015万+变异位点（数据库中所有变异位点总数）与192万+SNP频率记录（已完成品种频率统计的SNP记录数）为两个不同口径，分别用于不同场景。
⚠️ Scientific Disclaimer : Cross-species mapping results are based on ortholog inference and sequence conservation analysis, and do not imply functional equivalence. Drug target conservation assessments serve as model selection references, not clinical efficacy guarantees. AlphaFold structure coverage and confidence scores are used only for variant position annotation, not drug binding prediction. All cross-species conclusions are labeled with verification status (VERIFIED / UNVERIFIED / HYPOTHESIS-DRIVEN / PENDING).Data Notes : 40M+ variant sites (total variant count in database) and 1.92M+ SNP frequency records (SNPs with completed breed frequency analysis) are two different metrics used in different contexts.